Il proposito di costituire una biblioteca pubblica risale al 1826 quando i Reggenti Giambattista Onofri e Marino Berti proposero l'istituzione di una pubblica libreria. Questa cominciò a costituirsi con le acquisizioni della raccolta libraria appartenente alla Famiglia di Antonio Onofri, padre della patria, nel 1839, e della Libreria della Famiglia Valloni con l'acquisto dell'omonimo Palazzo, nel 1846.

L’attuale sistemazione e organizzazione della Biblioteca risale ai primi anni Ottanta del secolo scorso, quando Archivio, Biblioteca e Museo divennero Istitui indipendenti l'uno dall'altro. Durante gli anni Novanta ha preso avvio il processo di catalogazione informatizzata, con l'adozione del programma Sebina in uso nelle principali Biblioteche italiane; contemporaneamente son stati acquisiti altri importanti fondi librari e documentari. Oggi la Biblioteca di Stato è Biblioteca Nazionale, avendo aderito dal 1993 al CENL *(Conference of European Natinal Library ). Dal dicembre 2008 la Biblioteca di Stato e Beni Librari della Repubblica di San Marino è parte attiva della Rete Bibliotecaria di Romagna e San Marino.